装袋前要先准备好菌袋，菌袋长60厘米，宽30厘米，要先在菌袋上用锥子在装菌种的位置扎一排小眼来保证透氧，提高菌种的成活率。
菌种可以装三层或是四层，装几层菌种就要扎几排眼，在生产中，装四道菌可以提高菌种的成活率和发菌的速度，但并不一定会提高产量。扎完眼之后，先把塑料袋一头，用小绳系上就可以装袋了。
一般一个菌袋的接种量占培养料中的10%—15%，菌袋两头的接种量要占菌种量的75%以上。装菌种时，最好装在扎眼的位置上。装袋时，现在底层放一层菌种，然后装一层培养料，接着再装中层的菌种。在装中层菌种时，为了提高透氧效果，要把菌种洒在菌袋的外延。在装料时，要随装随着把菌袋压紧了。最后再上层再放上一层菌种，用小绳把口系上就可以了。
菌袋装完就可以在棚内码袋发菌，在码袋的时候，要随机对菌袋进行鉴别，能正常生长的菌种菌袋上应该有很多的小水珠，如果没有水珠，就说明培养料降温时间不够，温度过高了。
码袋就是把装好的菌袋码垛进行发菌，在码垛前先在地上洒一层白石灰进行消毒。菌袋要码成五层高的井字型垛，四剁一组，为了保证发酵时的通风，组与组之间要留30厘米的空隙。
