与常规栽培一样，反季节香菇通常采用常压灭菌，也就是用蒸汽锅炉和灭菌仓联通的蒸汽灭菌系统来灭菌。将料袋整齐码放在灭菌仓内，料袋之间留出一定的间隙，这样灭菌时蒸汽回流畅通，不至于产生灭菌死角，灭菌彻底。
料装好后覆盖好双层塑料薄膜，四周底边密封严实，外围用绳捆绑系牢，灭菌开始时先猛火强攻，使灭菌仓内的温度在4—6小时内达到100摄氏度，以料堆的温度达到100摄氏度开始计时，保持这样的温度12—14小时，停火焖锅8—10小时。
注意灭菌期间中途不能停火，也不能干锅，当温度降到60摄氏度左右时，趁热出锅，然后将来好菌的料袋及时运送到接种棚内冷却，待料袋的温度降到28摄氏度以下时开始接种。
